应用色差仪测量半透明物体时必须考虑到，光线可能会穿透被测物体而且测量可能受到被测物体后面物质的影响。 为了解决这个难题，可以在测量前加厚被测物以免使光线完全穿透。 另一种方法是可以在被测物体后面放一块不透明的白色平板。
如果使用小口径分光色差仪去测量那些含有花纹或纹理的物体时，测量值会随测量位置不同而变化。 这时就应该使用尽可能大的口径或者在不同位置重复测量多次，再计算平均值。
有时当一个物体温度发生变化，其颜色也会有变化。这种现象称为热变色性。为了能更精确地使用分光色差仪测量颜色，测量必须在一个温度固定的房间内进行并且要等到被测物体达到室温以后。
色差仪对于物体颜色的测量非常方便，现在已经是工业领域中控制颜色的重要工具。对于粉末，液体的样品进行测量时就要注意一些事项。